Vorbemerkung
Leben kann als eine Folge von biochemischen Reaktionen beschrieben werden, an denen Substanzen so klein wie ein Wasserstoffatom bis zur Größe gigantischer Makromoleküle beteiligt sind. Die Biowissenschaften versuchen, die molekularen Grundlagen aller Lebensvorgänge zu erklären, seien es einfache Stufen des Metabolismus in Mikroorganismen oder das Zustandekommen von Bewußtsein in höheren Organismen. Die Erklärung kann die abstrakte Form einer chemischen Gleichung mit Reaktanden und Produkten einschließlich der zugehörigen Massebilanz haben. Zu einem tieferen Verständnis der Mechanismen ist es jedoch nützlich, die Moleküle selbst bei der Arbeit zu sehen, und das in atomarem Maßstab. Die Arbeit der Moleküle besteht aus Wechselwirkungen der Elektronenwolken der beteiligten Atome; um die Vorgänge sichtbar zu machen, müssen die räumlichen Strukturen aller beteiligten Moleküle bekannt sein.
Atomkoordinaten von (im Juli 1999) 10.000 Makromolekülen sind in der Protein Data Bank abgelegt, andere Datenbanken enthalten die Strukturdaten kleiner Moleküle oder von Nucleinsäuren und ihren Komplexen. Viele Themen aus Biochemie und Molekularbiologie können daher sichtbar gemacht werden. Dazu sind Computerprogramme entwickelt worden, die qualitativ hochwertige Bilder räumlicher molekularer Strukturen erzeugen. Auch für den durchschnittlichen Wintel-PC gibt es ein Programmpaket, mit dem Moleküle auf der Basis öffentlich zugänglicher Strukturdaten interaktiv sichtbar gemacht werden können. Das Programm Chime ermöglicht die Erstellung von Filmen, die in Web-browsern betrachtet werden können. Der Zuschauer kann den Ablauf der Filme selbst steuern oder sich anhand eines Skriptes führen lassen. Auf dieser Seite finden Sie einige Erläuterungen zu den Darstellungsweisen in den Skripten dieses Projektes und ihrer Bedienung.
Darstellung kleiner Moleküle mit Chime